江戸川コナン

大人顔負けの推理をする小学生だが、その正体は高校生探偵・工藤新一。黒ずくめの組織の取引現場を目撃した際、口封じのために開発中の毒薬を飲まされ、体が縮んでしまった。新一の生存を隠すため、江戸川コナンと名乗り毛利探偵事務所に居候しつつ、組織の動向を探っている。卓越した推理力は衰えず、探偵・毛利小五郎の陰で事件を解決に導く。

工藤新一

江戸川コナンの本来の姿。以前は迷宮なしの高校生探偵として、新聞に載るほどの活躍を見せた。父は小説家、母は元女優と、両親は有名人。アメリカに拠点を移した親元を離れて日本で一人暮らしをしていたが、黒ずくめの組織に飲まされた「APTX（アポトキシン）4869」のせいで体が縮んでしまった。

毛利蘭

工藤新一の幼なじみで恋人。探偵の父・毛利小五郎と弁護士の母・妃英理が別居中のため、蘭は父の元で暮らしている。帝丹高校では空手部に所属し、大きな大会で優勝するほどの実力者。親友の鈴木園子に冷やかされつつも、新一の帰りを待つ。

灰原哀

本名は宮野志保。江戸川コナンと同じく、体が縮んでいる状態で、帝丹小学校に在籍している。元黒ずくめの組織の科学者で、シェリーというコードネームが付けられていた。体が縮んだ原因の薬「APTX（アポトキシン）4869」の開発者だが、阿笠博士の庇護のもと、解毒薬の研究をしている。

赤井秀一

FBIに所属。凄腕のスナイパー。截拳道(ジークンドー)を極め、推理能力も高い。黒ずくめの組織にライというコードネームで潜入していたことも。組織のボスは組織を唯一壊滅できる「銀の弾丸(シルバーブレット)」と呼んでいる。

安室透

毛利小五郎に弟子入りした私立探偵。その後、喫茶ポアロのアルバイト店員になる。看板店員として大人気。安室透は偽名で仮の姿。本来は公安警察の降谷零。また、黒ずくめの組織にバーボンというコードネームで潜入中でもある。

怪盗キッド

ビッグジュエルを専門に盗みを働く大怪盗。犯行前には予告状を用意し、観客（野次馬）の前で華麗に獲物を盗み出す。変装が得意で、声色も自由自在。その正体はマジック好きの高校生・黒羽快斗。